El Museo de las Ciencias contará con la planta geotérmica más grande de la Comunitat Valenciana que, según indican desde la Ciudad de las Ciencias, mejorará la eficiencia energética de la climatización del edificio al conseguir un ahorro anual estimado de 1.013.000 de kWh de la energía utilizada actualmente y un ahorro de emisiones de CO2 de 335.000 kg/año, así como la reducción de la huella de carbono del complejo. Esta es una de las actuaciones incluidas en los proyectos de sostenibilidad ambiental que está impulsando el recinto cultural y científico,  que también contempla la instalación de paneles solares en los voladizos exteriores del propio Museo y soluciones de arquitectura bioclimática.